领、伪造或滥杀平民充功，也即杀良冒功，导致军功体系失信。
明中后期边军常虚报战果，朝廷难以核实，削弱了军事改革的财政和制度基础。
三是阻碍火器与集体作战的推广。
近代化军事的核心是火器应用和兵种协同，而首级记功制度强调个人或小单位行动，与火器部队需要的纪律、统一指挥相矛盾。
明朝虽拥有先进火器，但战术思想仍被旧军功制度拖累。
四是抑制军事技术创新。
首级记功固化了对冷兵器时代作战模式的依赖，将领缺乏动力发展火力压制、工事攻坚等近代化战术。
明末面对后金时，传统军功制度下的军队难以适应新型战争。
五是社会与军事伦理退化。
滥杀行为加剧军民矛盾，削弱军队凝聚力。
明末李自成等民变兴起，部分源于边军为记功虐杀平民的恶性循环。
该制度在明前期尚有一定合理性，但长期看严重阻碍了军事组织、技术和思想的近代化转型。
它强化了短视的战场行为，压抑了集体作战和创新意识，是明朝未能适应16~17世纪军事革命的重要原因之一。
最终，这种制度与卫所制崩溃、军户逃亡等问题交织，加速了明军战斗力的衰退。